Click here to close
Hello! We notice that you are using Internet Explorer, which is not supported by Echinobase and may cause the site to display incorrectly. We suggest using a current version of
Chrome
,
FireFox
, or
Safari
.
Echinobase
???banner.login???
???banner.register???
Contact Us
Cite Echinobase
Genes
People
Labs
Organizations
Paper Authors
Paper Titles
Echinobase Accession
Anatomy Items
Disease Ontology
OMIM Diseases
GO Terms
Genes
People
Labs
Organizations
Paper Authors
Paper Titles
Echinobase Accession
Anatomy Items
Disease Ontology
OMIM Diseases
GO Terms
BLAST
Echinoderm mRNA
Echinoderm protein
Echinoderm CDS
S. purpuratus (
Purple sea urchin
) 5.0
L. variegatus (
Green sea urchin
) 3.0
P. miniata (
Bat star
) 3.0
A. planci (
Crown-of-thorns
) 1.0
L. pictus (
Painted urchin
) 2.1
A. rubens (
Sugar star
) 1.3
A. japonica (
Feather star
) 1.0
Genomes
Download Echinoderm Genomes
S. purpuratus (
Purple sea urchin
) 5.0
L. variegatus (
Green sea urchin
) 3.0
P. miniata (
Bat star
) 3.0
A. planci (
Crown-of-thorns
) 1.0
L. pictus (
Painted urchin
) 2.1
A. rubens (
Sugar star
) 1.3
A. japonica (
Feather star
) 1.0
JBrowse2 Tracks
Genes
Gene Search
Gene Search Tips
Gene Nomenclature Guidelines
Gene Name Questions
Expression
Search Anatomy Items
Quantitative Expression Datasets and Plotting Tools
Anatomy & Development
Search Diseases
Echinobase Anatomical Ontology (ECAO)
L. variegatus
Atlas of Development (pdf)
Resources
Protocols, Reagents and Data on EchinoWiki
Resource for Developmental Regulatory Genomics
Davidson Lab Gene Regulatory Networks
Libraries, Vectors and Screening
BAC Table
???header.navigation.searchAntibodies???
???header.navigation.searchMorpholinos???
Guide RNAs (gRNA)
Cis-Regulatory Elements (CREs)
Literature
Papers
Books
Cite Echinobase
Community
Find People
Find a Lab
Organizations
Job Postings
Downloads
Data Download
Gene Page Reports
Browse Download Site
BLAST Databases
???blast.header???
Download BLAST databases
???blast.alignment???
???blast.program.blastn???
???blast.program.blastp???
???blast.program.blastx???
???blast.program.tblastx???
???blast.program.tblastn???
???blast.database???
-- Genomes --
Strongylocentrotus purpuratus 5.0 Genome
Strongylocentrotus purpuratus 3.1 Genome
Lytechinus variegatus 3.0 Genome
Patiria miniata 3.0 Genome
Acanthaster planci 1.0 Genome
Lytechinus pictus 2.1 Genome
Asterias rubens 1.3 Genome
Anneissia japonica 1.0 Genome
-- mRNA --
Echinoderm mRNA
-- CDS --
Echinoderm CDS
-- Protein --
Echinoderm Protein
???blast.query???
>XM_041601087.1 PREDICTED: Lytechinus variegatus syntaxin-like (LOC121409225), transcript variant X3, mRNA TATGGTCAGCGATCAATTGTGCTTCAGCAAAATTTCATTGACTTGCGTGTAATCTTACTTACATTGACTT TGCACGTAAGTCAATGAATGGACTCAATTCAACGAACTAAGATTTTTCTTCTTCTTGGATTATTTGGATT TACACGCACCGCAGCGATATTTTGTCTCAATTCAGGAATACTTACGTAGACGATTGGATTTATTCAGAGA AGTTTTACTTTCAGAATGAGAGATCGTTTAGGGTCGTTGAAAAGGAATGAGGAAGATGATGTGGGCCCAG AGGTCGCGGTCAATGTGGAGTCAGAGAAGTTCATGGAAGAGTTCTTTGAACAGGTGGAAGAGGTGAGAAA TAATATTGACAAGATCTCTAAGAATGTGGATGAAGTAAAGAAGAAGCACAGTGATATCCTGTCAGCACCA CAAGCAGATGAAAAAGTCAAAGATGAATTGGAGGAGTTGATGAGTGACATCAAGAAAACAGCAAACAAAG TCAGAGCAAAATTAAAGATGATGGAGCAAAGCATTGAGCAGGAGGAGAGTTCCAAGATGAACTCAGCGGA TGTAAGGATAAGAAAGACACAGCACTCAACATTATCACGTAAATTTGTAGAGGTGATGACAGATTACAAC AGTACACAAACAGACTACAGAGAGAGGTGCAAGGGGCGTATCCAGAGACAACTAGAAATCACTGGTAAAT CCACAACAGATGCAGAATTGGAAGACATGTTGGAGAGTGGGAATCCTGCTATCTTTACATCAGGGATTAT CATGGATACACAACAGGCCAAACAGACTCTAAGAGACATCGAAGCACGACACAATGATATCATCAAGTTA GAAACTAGCATCAGAGAATTACATGACATGTTTATGGACATGGCAATGTTGGTTGAAAGTCAGGGTGAAA TGATTGATAGGATTGAATATAATGTAGAACAGTCTGTGGACTACGTGGAGACCGCCAAAATGGACACAAA AAAGGCAGTGAAGTACCAAAGTAAAGCAAGACGGAAAAAGATCATGATTTTGATATGCTGTGCTGTACTC ATTACCATAGTAGTCATAATCGTTATCACACAAATTAAGTAATATCTGCACTTCAAAACGCATTAGATCA CTCGGAAGTTTTAATACAACAGAAAAGTCCTGTCCAAAGAGGCAAACGCAAAGAGTGTGGAATTCGCGAT GTTTGAAAATTGATGTCAGCCAGTTCGATTGCAAGGGGAAAGAAGAGAAAAAAATCTTGAACTGAAAAGT CTAGTAAGATCTGGTCAAGAGAGAAATCTTGTTTCAACTGATACTGTTTCATCGGACTATTGCATAGAGA CTGTCACTTTGAATGATCCCATAGCAGAAAAAGGGTGTTATGTGTGAACGGATTGTGAGATTGTAGAGCT ATTGTGAACAGACCTTTGTAATGTGATGAAGCACATGTCTGCTTGATACATGAACGAGTTGTGATAGCTT GAAAAGTTTTGTCTTTATGTTGTTTGCGTATCGGTGCAGCATTATTTGCTTGGTCTGCGGTGTTATGACA ATGTGTCATCATTTGGCTACAAATCTTTTGGAAAAAATTCCAACATAATGTCTGTGAATGAGTTTCAGCG ACATATTTAGTTCTTTAACTGTACTTGCATTGTGCTTTCAAGTGAAAGCCATAGATGCAGTACATTCTTG TAGTGAGGCTAGCTTGGAACTGTTTTTATATGGAAGTTGTTGCTTGTATTTCATTGGGGAATTCTTTTCA GAGTGTGTTTCACTTCAGAAGGGTTGTCGTAGAGTTTGGATATATTGGTACTGATTTTGATGTGAATGGA AATTTCCGGAGGATTGTATTTATCGTGGAATCTATTTAATCATGTATTTAACAGTAGTATCGTCCTCTCT GTCACCAGACTTCAAAGTCAACCACATGAAGGTTATTCAAGCAACCTGATAAATGCTGTCTAAAAATTTA GGATGGATTTGAATCCAAGATCATTTCATTTTTGTTCCTTGAAGAAACATTCCTTATGTACTGTTAGAGA TGTGTACTTTTAATACTACCCATAGCTTAGCTTGATAATTTGTAAATAAAACAATGTGCTTGTATGATCA GCTATAATTTTGCAGTGATATTTGTGTATCTCAGCTGTAAGTCGTTGTCCTGACTCACACGCAATATGCA AAGTATCTGTTTGACATATTCGAGAAAGAATTGATTTTAGAGATTGAATTTAAAAGTAAATGTAGGTGAC TGGTCAGAACCAATTTCCTCATGTTTTTCACAACCATTTTAGTTTAAAATTCAACAAGAAGATGTATAGT GATCTCATAGATAGTTTTATAATAGTAACCTTATGGTGGTAGGATGACTGAAAAGGGGTGAAATTGTAAT AATTTGTATAAAGATCTGCAGATCTACAATAGTATGTGGTGTATTAAAGTCAAAGGTAATGTTTGGAGAT CTCCATGCAAAGATCTTAAGGTAAACAGAATACTTGTTTTTGTATTGATTTATAGTGCTATCCATGAAAA GTTTGTACACTTTTTCAGATTATACTGTACAATAATAGTCTTGTCTTTCACTTATGATTGTTTAAAGAAA TATTTCTTTTAAGTACAGATGAGTACATAGATAATAAAGACTTGAAACACTGATGATCCATAGGACCTCT TCTGTTTTAATAAATACATTACTGCATGTTTATCCCTACCTCAAAATAATAGAGTTATGAAGGAACCCAT AAAATTGAACTTTTTCATAGAAAATAGATTATTAATCAAAGTGTACAGATAATTTTAAACTTTTAATTGA CAAACATTGATTTCCATTAAGAATCACATTTGATCACCTGATCATGCTTGTCACCTGACCAGAGATCTGA AGATTGCAAATTGGATTGGAGTTTGTTTGATATCTAGTGACAGGAATAGTATTATTGATCCTTTGTTAAA ACACATATTTTTCTAGATAAGACCAGTTAGGGGTTTCATAAAGCTGAAGTTACAAGCGACTTCACAAACG ACTGGTGATCCTTCTGTAGGAATTACATCAACACCGATGAAAATCTGGTGGGTATCATTTACCACAAGAA AGGATCACCAGTCGTTCGTTACAACCAACGAACAGCTTTTTGAAACACCCACCATGGGGTTGTTTGGTAA AAGAGCTAAGTGTTTCTTAGAGTCATGCTTTAACACCAACACGCACATATTATTTAACAAGTTATCTGAT TGATGGAGACGCAGTAATGCACATCCTGTACGCATGATCTGACCAATTTGGTGATGCAACTGGAAATTTA AGTATGAATCTAGGTCACACCCTATTTGTGAAACATTTCCTTGGATTAATTTTTTTTTTTTACAGAAGAA AAATATTGCATTAGTCCGCTCATTCATGAGATAATACTCTCAGTAATTCAGCAGTATGGATCAAGGAAAG TTTAATATATCTGAGTCATACCACTACCCTTCCCCCAAAAAATGCTTGCAATATTTATTAAAGTGAAAGG TTATTTGAATCTAAGCAAAAACATCAGTTTTTTTCTTTTTGTTAAAAATCAACCATGATCTAATGCGTAG GCATAGAATGTAGATATTTGTAGGATACCATTGGAGGTATATATAGCTCAGTTGATTGATATTTTATACA TGTGAAAAGAATAGAAAAAAATTATTCCTTGTAAATATGGCTCTTATATGACAAACTATCATACATACCT GTAGCTATTATACAGAATATTTGTACATGTAGTATAGATGGCAAAGAAGAGAATAGAATATAAATCATGT TGATCGCAACGAAGGAGAAAATAATGAAGATATTTGAGTTATTGCTTTGATGTAAAGATGTACAGAGTAC AATTAATGTAATGAATGAGTAATGACATGTTTATAACTACATCGATACTACCTATATTCTACTGATAAAA AGAATGTACATTGTTATTCATTGTTTAGTAATAATTGATTGAGAAAAAATTGACACAAAATACTATTTAT TCTGTATTTATGTAAACTATAAACATGTATTTGTAAAAGGTGATGGTGTGATTTTATCTACTAACTTCAT TTCAGTCTAGACAAAAAAAATGTTAAATTTGATTTTATTTGACTTAAAGGTTTTTAACGGTAGAATCAGA TAGCTTCTGTATCAGAATGCAAAAAAAGTTAAGAGTAAATATTATTATGAATGTAGAATAAAATGGTTAA AACATGTTTATCACTGTATAAAGATGTTTAGCTATTGATATGGGGAAATTATTTTTGCTTCCAATATGGC TTCAGCTATACATATTTCTGATACACTAAAACAAAGTACCTAAAGTTTAGCAAATTGAATTATTCATTCT TTTGGGAAATGTAAAGAAAAAAATAGATTTTTATTTTAATAATATTTCCTTATGTTGTTTGTCTTTATGA GGCGCTTTTGAAGAAAAAAATCCTTATTGTGGGATAATTTTATAGTGCCCTCTTAATGTCCATCAGTATT CGGATAATTTTGTGTGTGATGCATCAGGGTGGGGGTACCAAAATATGATGCTATTCTGGTCCTTGCATCA TAAAATACATTCAATGAAATAATTTATTGTAATTGTAAACATCTGTGCCAAACCAAGCATCAAATATTTA CAATTGATAGTAAATATTGTATTTCAACAAAAAAAGAGGATTTTGGTCAGAAATTTTGATGTCTAAAAAA CTGCTTAAATAGTGATGATACCATGGACCTATTCTGCCATGGTCATATCAGATCCCAACTCTCTCTCTGG TTATAGATGTTCACAATGAGACTGACGTGTTGGGGCCTTGTGAGGGCACTGTTTAGCATCCACTCTCAGA TCCATATTTATAAGTAAAATCAGCTGCATTCACGATAGTTACAAAAAGCAAAGTTCATGACATGAAGAAA GTAATGCATTAAACCCTACCAAATATTTATTGCTTTAATAGTATGAAAACTTAACAAAAAGGGGAAAATC CATAGTGAATTCAACATGTCTTTAGATAGGGAAGTGTACATGGGTATTTTGCTTATAAAAGTGAACAAAG AAGGGAAAATAAATTTTTATTGTAAATAAACTGAAATTAAATTGATTCCTTTCAATATAATTTAGGTTTG GATTTTGTTGATAAAATGCTTTGCGCTGTTATACACATGCTTTCTTAATTGAAGAGCATTTTTATGCATA CAATTCTTTCCAAAAAGAACTTTTTTTCTCCTCTAGTCAATATATATGTAGGTAAATGTCAATAATGTTT GATATAGTATCAGCGATATTTCTCTGTAGTATTCATAGTGTAAAAATGCATTTTTATTTATGTGCTTTTA ACTACATTTTCATGGACATGGAGAGTTAAGAGCAATATGTTCAGATAGCATCTAATTGTTTACTACAAAA AGCTGAAGAAATTAAGAATAGGGTATTTCCTTCATTCATTTGGAATTTCTATTCAAAATCACTATGAAGA AGGGTGTATTTAGTCTCCTCATAAAATGCATTTGGTATAGGTGCAATCCTTGGATGTTTACAGAATTGCA CTGCTCCATACAATAAAGAAACAAGGTAATTCCCTGGTTGAGTTGAAAAGCATTACCTGTAATAGGATGT ATGCAGAAAGTGTATCATGATTGTATCTTGCTGGCAACAATCTGTTATGGTGTTGAATAGTATACCGTAC TGGTTCCTTGTTGTTAACACAATGGTAACACAGTGGTATGACACATGTAACACACCAATCACACTCTGGT GCCCATTAAAGAATGTTGTAACATAAAACCATTACAATCACTCTGGTAACACAGTGATAACACTGGTTCT ATGCCTGGTACCATACTTGTACTTGGTTGGTAACACAGTGGTAACACTGGTTCTATACCTGGTACCATAC TTGTACCTGGTTGGTAACACATTGGTAACACTGGTTCTATGCCTGGTACCATACTTGTACCTGGTTGGTA ACACATTGGTAACACTGGTTCTATGCCTGGTACCATACTTGTACCTGGTTGGTAACACAGTGGTAACACT GGTTCTGTGCCTGGTACCATACTTGTACCTGGTTGGTAACACAGTGGTAACACTGGTTCTATGCCTGGTA CCATATTTGTACCTGGTTGGCAAAACAGTGATAACACTGGTTCTATGCCTGGTACCATACTTGTACCTGG TTGGCAAAACAGTGATAACACTGGTTCTATGCCTGGTACCATACTTGTACCTGGTAAGTAACGCAGTGGT AACACTGGTTCTATGCCTGGTACCATACTTGTACATGTACCTGGTTGGTAACACAGTAATAACATACTGC TAATGTTATCATACTAATAATCTGATATGGTAATCTGATGATACTATCGTGATATTTGTACCACACTGGT GGACTACAGTTGAAATTGTAGTCATTAACCTTTGAATGAATGAGCGACTGAAAGTGCCCTTCATTTTTAC CCCATAAATTCCTTTAGACCATCAGTAAATCTAAAATTAAAATTTCTTTTTCATTTAATTTGTTCAGTTA TTAAGGAATGCAAACTAGTTATAATTGGACTTTACCTATGAACTACCTAACAAAACTTTGCAAGGTGATG ACCCTAATATCAATATAGAAGTTGAGGTTGAATAATGAATACAGAATACAAGTTTTACAAAGTGCCAAAT CTTGCTTTCTAATGCGTAATGTATTAAAAGTGCAATACATTCTTAATTTAAATATAAATTGAAAATAAAA TATTTTCATGAAATTTTTCCATGACATTCCAAACAATATCATGAATTAAATCCCTTGGAATATATTTCAG GCCACAAGATAATGTATTTAGTCAACAAAATATATCAATGAGGGTTATGATAGTTTTCAGGTCCTGGGTA TTTGAAGGCACTGCTGATCCCCTTTAAGTATGAAGTTAATGGGTTTGACAAAACAATTTCTCACTGTACC CCAACTCTTTAAGTGTCCTATTAAAGTTCTTTCACTTTGAATTTTAGCTAATACCCCAATAGAATAAGTC AGTTAACTTGAATGTATATGGTGGATAATGATTGATAATGTAGTAATTTTAGTCTTTTTGAAACCATGAA TATCATTCTACCATCGTAATTATATATACCTCTATTGAAATATTTACTTTGTAAAGTATGCATTAAACAG GCAGCATTCTTCAAGTAAGGATTTGGAAATTTCTTCATTGCTGCAGCTCAAAAATTGGTTTTGAAATTGA TTTTGTGATGTTCATTTTTTTTAAATATGCACTTTGTAAAGTTTACTCTAGTATCCTATTTGATATTCAT ATATCATTCATTATATAGCCATGTCTTAGTTTTTATTGAAGGGTGTAATTACATACCTAGCTTAGCAAAT TATCTACCAGAAAGAAGAAAGGGGACATTTTTTGTTGTTGTATATGTAGCTATTTGAAATCTTATGGTGA ATAAATTTTCAGATGTTATCCGAAAA
???blast.query.upload???
???blast.options???
???blast.eval???
???blast.eval.01???
???blast.eval.10???
???blast.eval.1???
???blast.eval.001???
???blast.eval.minus5???
???blast.eval.minus25???
???blast.eval.minus50???
???blast.eval.minus100???
???blast.numalign???
???blast.numalign.25???
???blast.numalign.1???
???blast.numalign.5???
???blast.numalign.50???
???blast.numalign.100???
???blast.wordsize???
???blast.wordsize.default???
???blast.wordsize.2???
???blast.wordsize.3???
???blast.wordsize.4???
???blast.wordsize.5???
???blast.wordsize.6???
???blast.wordsize.7???
???blast.wordsize.8???
???blast.wordsize.9???
???blast.wordsize.10???
???blast.wordsize.11???
???blast.wordsize.12???
???blast.wordsize.13???
???blast.wordsize.14???
???blast.wordsize.15???
???blast.wordsize.default.message???
???blast.matrix???
???blast.matrix.blosum62???
???blast.matrix.blosum45???
???blast.matrix.blosum80???
???blast.matrix.pam30???
???blast.matrix.pam70???
???blast.gapedalgin???
???blast.true???
???blast.false???
Automatically set to False for sequences longer than 4500 bytes
???blast.filtering???
???blast.on???
???blast.off???
BLAST time is limited to 30 seconds